1934年(昭和9)
国鉄久大線開通。同年機関庫も竣工。蒸気機関車には前後の区別があるため、大規模な扇形機関庫と転車台と必要とした。
1970年(昭和45)
蒸気機関車が廃止され、ディーゼル車導入。豊後森機関区廃止。その後、施設はそのまま放置されていた。
2001年(平成13)
地元有志により保存委員会結成。
2006年(平成18)
玖珠町が旧機関庫と敷地をJR九州から買い取る。
2009年(平成21)
「旧豊後森機関区の関連遺産」として扇形機関庫と転車台が近代化産業遺産に認定。
2012年(平成24)
国の登録有形文化財に登録。