教会の起源は1874年設立の東京第一長老教会。移転や合併により1884年に芝教会の名称になった。当時は区名が「芝区」だった。
1923年（大正12）
1922年に新会堂を建設したばかりなのに、関東大震災で焼失した。その後は木造の仮会堂を建てて利用していた。
1936年（昭和11）
新たな教会堂が竣工。設計は間野貞吉。
1941年（昭和16）
日本基督教団創立。
1943年（昭和18）
会堂が政府に徴用される。（〜1945年まで）
1947年（昭和22）
芝区・赤坂区・麻布区が合併して港区が成立。
2016年（平成28）
再開発のため解体された。教会は仮会堂に移転し、2020年に新たな会堂が竣工した。
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